在一个课题中，通常会有一两个重要的难点，解决了这些难点，课题就能顺利地进行。所以有必要在开题报告中将这些难点提出来，并提出相应的解决对策。
这些难点通常包括两类，其一是课题结论进一步深化过程中可能出现的'问题。例如，研究了一个基因在细胞中的表型，想要进一步研究其分子机制寻找下游基因，此时可能会有一段时间茫然，需要从文献中搜寻，并且结合高通量筛选来进行寻找，这就是一个典型的难点。
其二是实验材料和技术设备上或课题合作上可能出现的问题。例如，我们需要做某项实验，但又不具备相关技术，这时就需要通过和他人合作来解决。
这部分常犯的错误是罗列的问题过多。大家在写作时一定要注意，提出的问题一定要是关键问题。
搞定了综述部分，接下来就要开始主要研究内容及创新点的撰写了。我们来看看这一部分包括的内容：
(1)研究目标
需要给出课题具体需要解决的科学问题以及最终需要达到的预定目标。即是把前面的研究目的进行分解，形成一个可执行的实验目标。
研究内容要围绕研究内容进行展开，保证内容层次分明。要选择恰当的研究方法，研究内容各个部分要有起承转合和恰当的过度，保证整个研究内容浑然一体，具有较强的逻辑性和可操作性。
(2)研究方法
研究方法是完成研究内容，达到研究目的的实验手段。在选择研究方法时，讲究可靠第一、先进性第二。尽量选择本实验室成熟的实验体系和平台。这样一旦遇到问题，可以及时找到其他的师兄师姐来解答。
针对不同研究内容要选择不同的方法。比如同样是检测细胞液的蛋白表达水平，有western blot、免疫荧光、流式分水等方法，这时就需要根据不同的实验目的来进行取舍。
总之，在研究方法的撰写中要注意：全面、具体、精确。全面是指要把研究用到的实验方法全部描述出来。另一方面，实验步骤和涉及的数字一定要尽量表述得具体而精确。
(3)研究创新点
可以分为两点来看，即理论创新和技术创新。理论创新是指课题是否给本领域带来了新概念或补充，又或者对之前的概念进行了推翻。比如细胞凋亡和细胞自噬的概念在提出时都属于对当时科学界的理论创新。技术创新是指在实验过程中引入了新技术或建立了新的动物模型。
写作这一部分中容易出现的问题就是贪多。其实对于一个课题来说，创新点在精而不在多，有1~2点就足够了。盲目地罗列太多反而会使人感觉这个开题报告不具有可操作性。
综述可能是大家觉得较为难写的一个部分。_综_，需要对大量素材进行归纳整理，综合分析，使文献更加精炼、更加明确、更加层次分明且有逻辑性。_述_，就是对各家学说、观点进行评估，提出自己的见解。综述的目的就在于提供本课题来源的理论依据，同时提出本领域还存在怎样的问题，进而可以引出本课题的学术价值。
综述可以通过三个步骤来写：首先确定主题，随后整理文献，最后撰写成文。写作时要注意几个方面：1、搜集的文献素材要全面，以保证观点的公正客观，也要注意搜集最近几年的文献，以保证观点的前沿性;2、由于参考的素材较多，因此要注意去芜存菁，保证观点鲜明;3、引用时要忠于原文，不可歪曲别人的观点。
研究方案是指将之前的研究内容和方法有机地结合在一起，通过流程图的方式展现，使读者了解你的实验到底是怎么做的。
接下来要进行可行性分析，包括以下几点：
(1)工作基础：是否具有延续性的学术思路
(2)科研经费：经费是否能够支撑项目的开销
(3)实验条件：具备研究方案所需要的实验设备
(4)实验技术：建立了哪些模型和方法
(5)交流与合作(国内国外)：证明合作实力
随后，为了保证整个项目能有效的进行下去，需要制定一个工作进度安排。我们可以根据研究目标和内容，给出初步的年度(或半年度)时间进度表。但考虑到研究过程中出现耽搁，也允许进行改动。
在这个部分中，大家需要回答两个问题。问题一，为什么要研究这个课题?(理论意义是什么)比如你的课题是_转录因子在胚胎干细胞自我更新过程中的作用_，则可以表述为：通过该转录因子进一步揭示和完善胚胎干细胞自我更新的分子调控网络。
问题二，研究这个课题有什么价值?(应用前景)比如，研究一个蛋白在肿瘤转移过程中的作用，其价值就在于：通过这个研究了解肿瘤转移的分子机制，该蛋白可以作为治疗肿瘤转移的靶蛋白。
